Il Museo è organizzato in tre sezioni: • quella che contiene un itinerario relativo alla costruzione della viola contralto secondo la tradizione della scuola classica cremonese; per questa prima sezione è stato scelto il corredo della viola contralto del 1690, in quanto risulta essere uno dei più completi fra quelli conservati nel museo stesso; lo stesso itinerario è stato studiato e organizzato anche per non vedenti e i ipovedenti; • il gruppo di strumenti che ricorda, per la maggior parte liutai italiani che operarono dalla seconda metà del XIX secolo sino alla prima metà del XX secolo; • la collezione Salabue-Fiorini esposta in sedici bacheche che contengono ben 710 reperti provenienti dal laboratorio di Antonio Stradivari. All'interno del progetto 'Friends of Stradivari', è stato promosso un progetto di "ospitalità" di importanti strumenti della liuteria storica cremonese appartenenti alla collezioni private. Tra i primi ad aderire al progetto, gli eredi di Sau Wing Lam e Si-Hon-Ma. Quindi si sono associati The Henry Ford Museum e la Royal Academy of Music di Londra.