Il Santuario è stato edificato su un luogo ritenuto miracoloso, ai confini del paese. La titolazione deriva dalla presenza, nel medesimo posto di una piccola cappella votiva in ricordo della peste del 1576. La sua storia inizia tuttavia solo agli inizi del Settecento in concomitanza con lo scoppio di una grande siccità che colpì tutta la zona di Vimercate. Nell'anno 1714 praticamente si prosciugarono tutti i pozzi. In queste condizioni un gruppo di pastori preoccupati per la sopravvivenza non solo del bestiame ma anche delle loro famiglie, la sera del 19 aprile 1714 si riunirono in preghiera nel bosco detto Brugarolo, nel territorio di Ornago, attorno a quella piccola cappella a ricordo della peste e dedicata alla Madonna soccorritrice delle anime del Purgatorio. I pastori chiesero aiuto alla Vergine e miracolosamente furono esauditi: non piovve, ma dal terreno stesso trasudò una notevole quantità di acqua che soddisfece il loro bisogni e le necessità della popolazione. Da allora quella fonte d'acqua è ancora attiva. All'interno del santuario interno si conserva una pregevole pala raffigurante san Martino, opera di Carlo Verri, e una rappresentazione del Figliol Prodigo, opera del Corneliani. Adiacente il Santuario si trova la tomba della famiglia Verri, che tanto ha fatto per il santuario, tra cui quella di Pietro. La seconda domenica dopo Pasqua e la seconda domenica di ottobre si celebrano le due feste del Santuario della Beata Vergine del Lazzaretto.